Ähnlich wie bei der Laktoseunverträglichkeit gibt es auch Störungen der Fruktoseaufnahme im Dünndarm. Bei dieser als Fruktose-Malabsorption bezeichneten Unverträglichkeit liegt eine eingeschränkte Transportkapazität des Transportproteins in der Dünndarmschleimhaut vor, wodurch die Fruktose im Dünndarm nur unzureichend resorbiert wird.

Die Fruktose gelangt in den Dickdarm und wird durch Bakterien zersetzt. Die dabei entstehenden Stoffwechselprodukte können zu Symptomen wie Blähungen, krampfartigen Bauchschmerzen und Durchfall führen.
Wird die Fruktose im Dickdarm von Bakterien abgebaut, entsteht unter anderem Wasserstoff, der über die Blutbahn in die Lunge gelangt und in der Ausatemluft nachgewiesen werden kann.

Beim H2 Atemtest wird eine definierte Menge an Fruktose in Wasser gelöst, die Lösung wird getrunken und die Menge an Wasserstoff in der Ausatemluft wird gemessen. Vor der Untersuchung wird ein sogenannter „Null Wert“ bestimmt, um die Ergebnisse interpretieren zu können.
Bei der Fruktosemalabsorption ist eine Reduktion der Fruktose- und Sorbitmenge in der Nahrung nötig, um die Symptome zu lindern. Bei einer komplett fruktosefreien Ernährung kommt es allerdings zu einem weiteren Rückgang des Fruktosetransportproteins. Die Anhebung der Fett- und Proteinmenge in der Nahrung führt zu einer gesteigerten Expression des Fruktosetransportproteins und somit zu einer verbesserten Aufnahme von Fruktose im Dünndarm.

Grundsätzlich muss bei einer Fruktoseunverträglichkeit bedacht werden, dass viele Diabetikerprodukte, Nahrungsergänzungsmittel und kalorienreduzierte Lebensmittel Sorbit enthalten. Da beim Abbau von Sorbit Fruktose entsteht, verstärkt die Einnahme derartiger Produkte die Symptomatik.